"Ұлттық ғылыми онкология орталығы" ЖШС Басқармасы орталықтың ағымдағы қызметіне басшылық ететін атқарушы орган болып табылады. Басқарма Жалғыз қатысушыға  және Бақылау кеңесіне есеп береді және ұйымның стратегиясын іске асыру мен негізгі мақсаттарға қол жеткізуге жауапты.

Басқарма туралы Ереже келесі құжаттарға сәйкес бекітілген:

• 1998 жылғы 22 сәуірдегі Қазақстан Республикасының «Жауапкершілігі шектеулі және қосымша жауапкершілігі бар серіктестіктер туралы» Заңы;
• Қазақстан Республикасы Қаржы министрлігінің Мемлекеттік мүлік және жекешелендіру комитеті төрағасының міндетін атқарушының 2018 жылғы 22 маусымдағы №613 бұйрығымен бекітілген "ҰҒОО" ЖШС Жарғысы;
• Жалғыз қатысушы мен Бақылау кеңесінің шешімдері.

Басқарма "ҰҒОО" ЖШС-нің ағымдағы қызметіне басшылық етеді және келесі бағыттар бойынша жауапты:

• Орталықты дамыту стратегиясын әзірлеу және іске асыру;
• Қаржылық-шаруашылық саясатты жүзеге асыру;
• Қызметтің негізгі мәселелері бойынша шешімдер қабылдау;
• Тәуекелдерді бақылау және бақылау жүйесінің тиімділігін арттыру;
• Құрылымдық бөлімшелердің жұмысын үйлестіру және Жалғыз қатысушының құқықтарын қамтамасыз ету.

Басқарма өз қызметін Қазақстан Республикасының заңнамасына, "ҰҒОО" ЖШС Жарғысына, ішкі құжаттарға, Жалғыз қатысушы мен Бақылау кеңесінің шешімдеріне сәйкес жүзеге асырады. Басқарма басқа органдардың құзыретіне жатпайтын кез келген мәселе бойынша шешім қабылдауға құқылы.